Kada su Portugalci 1498. godine doplovili do Mozambika, našli su brojne arapske trgovce uz obalu. Prvi europljanin na mozambičkom tlu je bio portugalski moreplovac Vasco da Gama. Portugalci su izgradili brojne luke i tvrđave uz obalu koji su postali redovite postaje na putu za istok.
Početkom 20. stoljeća, Portugalci su prodali veći dio mozambičkog gospodarstva privatnim firmama (većinom britanskim). Britanci su Mozambik prometno povezali s okolnim zemljama željeznicom. Također su u Mozambiku nabavljali jeftinu (robovsku) radnu snagu za svoje rudnike u Južnoj Africi.
Poslije Drugog svjetskog rata, kada su europske države mahom davale neovisnost svojim kolonijama, Portugal je odlučio da su Mozambik i ostali prekomorski portugalski posjedi, samo prekomorski teritoriji matične zemlje. U to vrijeme u Mozambiku je živjelo oko 250.000 Portugalaca. Tijekom godina je značajno porastao mozambički pokret za nezavisnost, da bi 1962. nekoliko antikolonijalnih političkih skupina osnovalo FRELIMO. Ta organizacija je pokrenula masovne oružane napade na kolonijalnu vladu u rujnu 1964. Nakon 10 godina ratovanja i nakon velikih političkih promjena u Portugalu, Mozambik je postao nezavisan 25. lipnja 1975. Prvi predsjednik bio je Samora Moises Machel.
Od 1975. FRELIMO je vladao Mozambikom u jednostranačkom sustavu. Uskoro je izbio dugi građanski rat (1976.-1992.) protiv antikomunističke stranke znane kao Mozambički nacionalni otpor ili RENAMO. RENAMOVI ustanici primali su pomoć iz apartheidskih režima bjelačke manjine u Rodeziji i Južnoj Africi.
Kad je apartheidski režim u Južnoj Africi pao, FRELIMO je odobrio novi ustav studenoga 1990. čime je uspostavljen višestranački sustav. 4. listopada 1992. godine Rimski opći mirovni sporazumi koje je ispregovarala Zajednica sv. Egidija uz potporu UN-a, utrli su put k miru. Potpisali su ih predsjednik Chissano i RENAMOV vođa Afonso Dhlakama. Stupili su na snagu 15. listopada 1992. godine.