Svojevrsnu kulminaciju srednjovjekovne državnosti Slavonija je doživjela za kralja Vladislava II. Jagelovića, kada je prvi put u kraljevskom naslovu bila istaknuta i Slavonija (iza Dalmacije i Hrvatske), povlastice slavonskoga plemstva prvi su put bile popisane u dodatku kraljevskoga zakonika (1492), a kralj je 1496. svečano odobrio Kraljevini Slavoniji, koju je nazvao »štitom ili predziđem« Ugarske, pravo da se na bojnim zastavama i službenim pečatima koristi vlastitim grbom s prikazom kune (»njihov drevni znamen«) između dviju rijeka iznad kojih je »Marsova zvijezda«. Premda su prvaci i plemstvo Slavonije pojedine političke odluke donosili zajedno s onima iz Hrvatske, s kojom ih je povezivao i zajednički ban, kao npr. prigodom prihvaćanja dinastičke nagodbe između Vladislava II. Jagelovića i Maksimilijana I. Habsburškoga 1491., ipak su se oni na početku XVI. st. smatrali podložnima Ugarskomu, a ne Hrvatskomu Kraljevstvu.
Nakon Mohačke bitke 1526. i pogibije kralja Ludovika II. Jagelovića u njoj, Slavonija i Hrvatska razišle su se pri izboru kralja; Hrvatska se priklonila Ferdinandu I. Habsburškomu, a Slavonija se, slijedeći Ugarsku i predvođena u tome banom Krstom Frankapanom i zagrebačkim biskupom Šimunom Erdődyjem, na saboru u Dubravi 6. I. 1527. izjasnila za Ivana Zapolju, čiji je rod potekao iz Požeške županije. Daljnji razvoj prilika, osobito napredak osmanskih osvajanja na račun slavonskih i hrvatskih krajeva, doveo je ipak postupno do toga da je i Slavonija odustala od Zapolje i pridružila se hrvatskom izboru. Do 1552 (pad Virovitice) Osmanlije su pokorili cijelo donje međurječje Drave i Save, kao i znatne istočne dijelove Križevačke županije, odn. Kraljevine Slavonije.
Za sljedećih 130 godina ustalila se granica u Poilovlju te u Podravini između Virovitice i Đurđevca. Na zapadnoj strani »ljute granice« bio je ustrojen obrambeni pojas Slavonske krajine (Confinia Slavonica) s nizom utvrda između Drave i Save. Na nj se južno od Save, od Siska do Modruša, nadovezivala Hrvatska krajina. U obrani Slavonske krajine sudjelovale su ljudstvom i znatnim sredstvima austrijske pokrajine, poglavito Štajerska, pa je 1578. Rudolf II. Habsburgovac odredio da se vrhovno zapovjedništvo nad ujedinjenom Slavonskom i Hrvatskom krajinom preda nadvojvodi Unutrašnje Austrije i njegovu ratnom vijeću sa sjedištem u Grazu. Hrvatski je sabor potvrdio takvu odluku, iako je njome hrvatski ban u vojnim poslovima bio podčinjen nadvojvodi, a znatan dio zemlje izuzet iz banove jurisdikcije.
Sužavanje slobodnoga teritorija Kraljevine Slavonije i, u još mnogo većoj mjeri, Hrvatske dovelo je do prijelomnog unutrašnjopolitičkoga događaja: zajedničkim održavanjem Slavonskoga i Hrvatskoga sabora u Zagrebu 1. IX. 1558., dva su sabora bila trajno ujedinjena u jedinstveni Sabor Hrvatske i Slavonije. Usporedno s migracijom stanovništva, osobito plemstva, iz Hrvatske u Slavoniju, pomaknule su se na sjever i granice područja obuhvaćenog imenom Hrvatska. U kasnijem XVI. st. Hrvatskom su se smatrali krajevi južno od Kupe, dok poslije J. Ratkaj u svojem Spomenu na kraljeve i banove (1652) Hrvatskom naziva svu zemlju južno od Save, a između Une i Jadrana. Na drugoj strani novouspostavljene granice prema Osmanskomu Carstvu, u osvojenom donjem dijelu međurječja Drave i Save, Osmanlije su umjesto starih županija ustrojili tri sandžaka, Cernički, Požeški i Srijemski, koji su bili podređeni pašama bosanskoga, kaniškoga i budimskoga ejaleta. U drugoj polovici XVI. st. pod osmanskom vlašću našla se i Moslavina sve do Čazme, ali su se nakon poraza kod Siska (1593) Osmanlije povukli na Ilovu. Time je bila uspostavljena tradicionalna zapadna granica »turske Slavonije« (lat. Sclavonia Turcica). To se ime nije odnosilo samo na osvojene dijelove stare Kraljevine Slavonije, nego se protegnulo na cijelo donje međurječje sve do Dunava. Zbog toga je npr. Atanazije Jurjević, prelazeći 1626. Dravu kod Osijeka na putu prema Bosni, mogao zapisati da tu završava Ugarsko Kraljevstvo.
U doba Velikoga rata za oslobođenje habsburških zemalja od Osmanlija (1684–99), okončanoga mirom u Srijemskim Karlovcima, ime Slavonija već se posve ustalilo za cijelo istočno međurječje koje je do tada pripadalo Osmanskomu Carstvu. Ta se novovjekovna Slavonija u XVIII. st. nazivala i Donjom Slavonijom (Sclavonia inferior), kako bi ju se razlikovalo od stare ili Gornje Slavonije (S. superior) u zapadnom međurječju, gdje se srednjovjekovno ime još i tada održavalo usporedno s imenom Hrvatska. Kraj osmanske vladavine područje današnje Slavonije dočekalo je demografski znatno izmijenjeno: nekadašnje slavenske i mađarske starosjedioce zamijenilo je u velikoj mjeri novo »slovinsko« (hrvatsko) pučanstvo pomiješano sa znatnim »vlaškim« (srpskim i hrvatskim) enklavama. Doseljenici su od reda potjecali iz krajeva južno od Save.