Za otočje Ciklade je izuzetno važno razdoblje kasnog neolita i mlađeg brončanog doba, razdoblje koje zovemo Cikladska kultura, koja je kasnije imalo veze sa Kretskom kulturom. Cikladska kultura je nestala poslije velike erupcije vulkana na otoku Santoriniju, koji uništio veći dio otoka.
Tijekom klasičnog perioda stare Grčke Cikladi su bili niz malih, ali značajnih grčkih polisa. U to doba osobito se isticao Delski savez. Nakon toga Cikladima vlada Rimsko carstvo, a potom Bizant.
Prva arheološka iskapanja na otocima provedena su 1880-ih pod nadzorom Britanske škole iz Atene i grčkog arheologa Christosa Tsountasa. Ona su obuhvatila nekropole na nekoliko otoka, rezultat njihova otkrića bila je spoznaja o zasebnoj neolitskoj kulturi "Cikladskoj kulturi" . Cikladska kultura je bila spoj kulturnih utjecaja iz Anatolije (i starih kultura bliskog Istoka) i kontinentalne Grčke.